So sánh đa trình tự (Multiple Sequence Alignment - MSA) là một trong những bài toán quan trọng của sinh tin học, đặc biệt trong tìm kiếm gene. MSA là bài toán NP và chưa có giải pháp tối ưu hoàn hảo. Nhiều phương pháp heuristic đã được phát triển để xử lý dữ liệu lớn, nhằm tìm ra giải pháp gần tối ưu với thời gian và bộ nhớ chấp nhận được. Một trong những phương pháp hiệu quả là Progressive Algorithm.