Sau khi cài đặt Snort, bạn cần phải cấu hình các tập tin, cấu hình để Snort có thể hoạt động phù hợp với môi trường mạng của bạn. Các tập tin cấu hình chính của Snort bao gồm:

• snort.conf: Tập tin cấu hình chính, chứa các thiết lập cơ bản như giao diện mạng, các quy tắc, các bộ đáp ứng, v.v.
• classification.config: Tập tin định nghĩa các loại tấn công và thuộc tính của chúng. Tập tin này rất quan trọng vì nó giúp Snort phân loại các sự kiện, dễ dàng xác định mặc định và cách thức phản hồi vào từng loại tấn công.
• reference.config: Tập tin này chứa các tham chiếu đến các quy tắc cũng như thông báo về đúng loại tấn công để người quản trị dễ dàng thực hiện các biện pháp xử lý kịp thời.

Khi cấu hình Snort, bạn cần chú ý chỉnh sửa các tham số trong tệp snort.conf theo nhu cầu của mạng mà bạn muốn bảo vệ. Chẳng hạn, cần xác định giao diện mạng dùng để giám sát lưu lượng truy cập, các quy tắc mà bạn muốn áp dụng và thông tin về các bộ đáp ứng sẽ được sử dụng.